Năm 1593, con trai Mạc Mậu Hợp là Mạc Kính Cung thất thế ở Thăng Long chạy lên Cao Bình, xây thành đắp luỹ chống nhà Lê - Trịnh nhằm đặt đế nghiệp lâu dài vững chắc, khi thời cơ đến sẽ lấy lại Thăng Long, thu phục cả nước như thuở mới sáng lập nhà Mạc.

Ba đời vua Mạc ở Cao Bình (1594 - 1677), chọn nơi thiết triều ở thành Bản Phủ - Cao Bình, nhân dân hầu hết thuận phục nhà Mạc. Cung điện vua Mạc ở trong thành Nà Lữ gọi là thành Lua hiện vẫn còn dấu tích chân móng tường thành, còn bát hương ghi Đại Mạc hoàng đế. Nhà Mạc đã kết nối bang giao hữu hảo với nhà Thanh, mở rộng thông thương, dân hai bên biên giới đi lại mua bán thuận tiện ở các chợ thành Cao Bình và các chợ biên giới.

Trải qua 85 liên tục nhà Mạc ở Cao Bình đã tạo dựng được một trật tự xã hội, một nhà nước có kỷ cương, mở mang dân trí, đối nội, đối ngoại kịp thời có cách ứng xử cương nhu tùy lúc, đủ sức chống cự với các cuộc chinh phạt liên miên của nhà Lê - Trịnh. Có thể nói, so với các thời trước đó, vương triều Mạc ở Cao Bằng là thời hưng thịnh nhất.